События разворачиваются в мире, где правящая элита скрывает от человечества страшную правду. Реальность, которую знают люди, — лишь иллюзия, поддерживаемая гигантской машиной, поработившей умы. Главный герой, Томас Андерсон, ведет двойную жизнь: днем он обычный программист, страдающий от смутной тревоги и ощущения фальши, а ночью — хакер по имени Нео, ищущий ответы на мучительные вопросы о природе окружающей действительности. Его жизнь кардинально меняется, когда на него выходят таинственные повстанцы во главе с харизматичным Морфеусом. Они раскрывают Нео шокирующую истину: весь мир — это сложная компьютерная симуляция, Матрица, созданная искусственным интеллектом для порабощения человечества, чьи тела используются как источник энергии. Морфеус верит, что Нео — это Избранный, тот самый мессия, который, согласно пророчеству, положит конец войне между людьми и машинами и освободит человечество из цифрового плена. Путь героя — это трудное пробуждение и болезненная адаптация к реальному, опустошенному миру, лежащему в руинах после долгой войны. Вместе с командой корабля «Навуходоносор» Нео погружается в опасные путешествия обратно в Матрицу, где законы физики можно обойти, а угрозы принимают форму Агентов — всемогущих программ-охотников. Его вера в себя и свою судьбу подвергается жестоким испытаниям: он сталкивается с предательством, теряет близких и проходит через пределы своих возможностей. Кульминацией становятся эпические противостояния, где Нео должен сделать окончательный выбор: принять свою роль и сразиться с системой, чтобы дать людям шанс на свободу. Первый сезон этой истории закладывает фундамент масштабного противостояния, оставляя зрителя с вопросом о цене пробуждения и природе настоящей реальности, одновременно открывая двери в сложную вселенную, где борьба за сознание только начинается.